非極性氣相色譜柱和極性氣相色譜柱在應用范圍、化合物分離順序以及使用溫度等方面存在明顯的差異。

1. 應用范圍：非極性氣相色譜柱主要應用于分析非極性化合物，如烴類、酮類、醇類、醚類、芳香烴等。而極性氣相色譜柱則應用于分析極性化合物，主要是聚乙二醇類。

2. 分離順序：非極性柱的分離順序主要是根據試液的沸點，而極性柱的分離順序除了沸點之外還和物質的極性有關系。

3. 使用溫度：非極性氣相色譜柱的使用溫度范圍較廣，可以在50-350℃之間。而極性氣相色譜柱的使用溫度則較低，一般在50-250℃之間。

總的來說，非極性氣相色譜柱和極性氣相色譜柱各有其特性和應用范圍，需要根據待測物質的性質選擇合適的色譜柱。