毛細管色譜柱和填充色譜柱在結構、性能和應用上存在明顯的區別。

1. 結構：

* 毛細管色譜柱是由小直徑的管狀柱子組成的，通常是25-100米長，0.1-0.5毫米內徑。

* 填充色譜柱是由管狀柱子內部填充著固體或液體的物質組成的，通常是10-30厘米長，3-4毫米內徑。

2. 性能：

* 毛細管色譜柱的高比表面積能夠提供更高的分離效率，但流速較低，相應分離時間較長。

* 填充柱則具有較快的流速和較短的分離時間，但分離效率有限。

3. 應用：

* 目前填充色譜柱的應用，已經越來越多的被毛細管色譜柱所代替。

* 在實際GC分析中，90%以上均為毛細管色譜柱。

總體來說，毛細管色譜柱在許多方面都優于填充色譜柱，但在一些特殊情況下，填充色譜柱仍然有其應用價值。